С конца одиннадцатого века грабительские походы отрядов викингов прекратились, к этому времени в Скандинавии образовались государства: Дания, Норвегия, Швеция. Шведское королевство стремилось включить в свою территорию Невский край. Река Нева оставалась важнейшим транзитным путем в международной торговле тринадцатого - четырнадцатого веков.

Новгородское княжество избежало татаро-монгольского нашествия. Когда Русь, разорённая и опустошенная, потеряла своё значение в Европе, в Новгороде сохранялась древнерусское искусство, велось летописание, строилась каменная крепость, поддерживались торговые отношения с западноевропейскими городами. По договору с Ганзейским союзом новгородцы обеспечивали безопасный проход купеческих судов от острова Котлина по Неве и Ладожскому озеру. Своё право быть хозяином на этом пути Новгород отстаивал в борьбе со шведами и рыцарями Ливонского ордена. Многократно шведские корабли входили в Неву, высаживали военные отряды, но новгородцы успешно отражали их нападения. В 1300 году более тысячи шведских воинов под руководством королевского наместника Торгильса Кнутсона высадились в устье реки Охты и начали сооружение мощной крепости, её строительством руководили европейские фортификаторы. Шведы назвали эту крепость Ландскрона. В то время так назывались несколько укреплений в Германии и на острове Готланд. Обозначало ли это название определенный вид крепостных сооружений или его смысл заключается в значении крепости как центра завоёванной земли, неизвестно. Новгородская летопись переводит шведское название как «Венец земли».

Через год новгородское войско разрушило Ладскрону. Новгород не воспользовался захваченными укреплениями для контроля за входом в Неву вероятно потому, что не имел постоянного военного флота способного вступить в бой со шведскими кораблями и не допустить высадки десанта, содержание же сильного гарнизона в этой удаленной и малонаселенной местности вызывало бы значительные трудности. Для русской крепости было выбрано другое место, там, где из Ладожского озера истекает река Нева, находится небольшой островок Ореховый, на нем в 1323 году появился первый укрепленный городок, который контролировал прохождение судов. Впоследствии крепость получившая название «Орешек» разрасталась, перестраивалась, и к началу семнадцатого века весь остров был укреплен высокой каменной стеной с башнями.
По всей стране в тех местах, где существовала постоянная опасность нападения, строили небольшие крепостицы с бревенчатыми стенами обнесенными валами и рвами, в них не было постоянного населения, а находилась лишь немногочисленная стража. Возможно, такой сторожевой пост был на острове Котлине, мимо которого не один корабль не мог пройти незамеченным, здесь же начинались сложные фарватеры Невской губы, по которым вели купеческие корабли лоцманы. После насильственного присоединения Новгородского княжества к Московскому царству были проведены переписи земель для сбора налогов в казну. В переписных книгах 1496 и 1500 годов остров Котлин не упоминается, следовательно, сенокосных и охотничьих угодий, пахотных земель и постоянного населения на острове не было, возможно здесь жили служилые люди, с которых налог не взимался.
В 1598 году умер московский царь Федор Иоанович последний правитель русского государства из династии, ведущей своё начало от легендарного Рюрика. В стране началась борьба за власть, объявлялись лженаследники престола, вспыхивали бунты. «Смутным временем» воспользовались соседние государства Польша и Швеция. В 1610 году польские войска вступили в Москву, шведы заняли земли Великого Новгорода. От хаоса и гибели русскую государственность спасло народное ополчение под руководством князя Дмитрия Пожарского и купца Кузьмы Минина. После изгнания польских интервентов из Московского Кремля в 1613 году на Земском соборе был избран на царство семнадцатилетний Михаил Романов – первый представитель новой правящей династии.
Обескровленная и разоренная «Смутным временем» Россия не могла продолжать войны за освобождение всех захваченных земель, в том числе и невских берегов, Ижорская земля, столетия входившая в состав Новгородского княжества, стала шведской провинцией Ингерманландией. После заключения мира торговые дела шли своим чередом, по Неве по-прежнему плыли купеческие суда с товарами, вот только порядки здесь теперь определяли шведские власти и торговые пошлины пополняли казну шведского короля. Граница России и Швеции проходила недалеко от реки Волхов, русская крепость Орешек стала шведским Нотебургом. В 1611 году на мысу у впадения в Неву реки Охты началось строительство ещё одной крепости, новую крепость шведы назвали Нюенканс, что значит невское укрепление, русские произносили это название как Канцы, позднее на немецкий лад Ниеншанц.
Россия могла вернуть утраченные земли только силой. Попытка была сделана в 1656 году, войскам царя Алексея Михайловича удалось взять Ниеншанц, русская гребная флотилия вышла в Финский залив, и 22 июля 1656 года произошел морской бой у остова Котлина, в котором был разбит отряд шведских судов. Однако вскоре на стороне Швеции в войну вступила Польша, России пришлось заключить мир, подтвердивший условия договора 1617 года. Отношения между соседними государствами оставались напряженными и с новой силой военные действия начались, когда на престоле укрепился Петр Алексеевич, вошедший в российскую историю, как Петр Первый, Великий.