Изгнание шведов с берегов Невы началось осенью 1702 года, когда главная часть армии шведского короля Карла VII  вела военные действия на территории Польши. Первой преградой на пути из Ладожского озера в Неву была древняя русская крепость Орешек, которой шведы владели почти сто лет и называли Нотебург. Русские войска блокировали её, артиллерийским огнем пробили высокую каменную стену и после нескольких штурмов 12 октября 1702 года Нотебург капитулировал, по указанию Петра вновь обретённая крепость была переименована в Шлиссельбург (Ключ-город). 

Узнав о падении Нотебурга шведы сожгли город Ниен построенный у стен крепости Ниеншанц ,чтобы городские строения не затрудняли оборону этой крепости. Осада Ниеншанца началась в конце апреля 1703 года, оборонявшимся мог помочь шведский флот, но, не дождавшись подхода шведской эскадры, 1 мая Ниеншанц капитулировал. Шведские корабли появились у входа в Неву на следующий день. Завоёванная крепость была переименована Петром I в Шлотбург (Замок-город) и стала лагерем русской армии, её дальнейшую судьбу рассмотрел военный совет и принял решение искать новое место для строительства укреплений ближе к морю.

Новую фортецию заложили 16 мая 1703 года на небольшом острове, расположенном в самом широком месте Невы там, где река начинает делиться на рукава дельты. По-фински остров назывался Енисаари (Заячий остров), от соседнего острова он отделяется протокой, которая могла служить защищенной гаванью для кораблей.

Проект крепости под руководством Петра I составили иностранные инженеры. Развитие артиллерии к тому времени изменило конструкцию оборонительных сооружений, вместо высоких стен и круглых башен европейские фортификаторы возводили деревоземляные валы более устойчивые при обстреле тяжелыми ядрами и лучше приспособленные для установки больших орудий. Выступающие из стены бастионы позволяли вести стрельбу в нескольких направлениях. Новая крепость стала первой русской крепостью бастионного типа, Петр I назвал её в честь своего небесного покровителя Санкт-Петербург, город святого Петра. Уже осенью 1703 года под защитой новых укреплений разместился лагерь русской армии и ставка главнокомандующего. Шведы не могли не знать о закладке нового города на берегах Невы. Карл XII на известие о военных успехах Петра I высокомерно заявил: « Пусть царь трудится над закладкой новых городов, мы хотим лишь оставить за собой честь впоследствии забрать их».

Все лето 1703 года у входа в Неву со стороны моря стояла шведская эскадра адмирала Нумерса, которой Россия, не имевшая военного флота, противостоять не могла, выход в море по-прежнему был закрыт. Шведский король и слышать не хотел о мирных переговорах, а значит, надо было как можно скорее строить корабли, учится воевать на море и создавать морской щит строящемуся Санкт-Петербургу.