Последнее десятилетие восемнадцатого века  политические события в Европе определила грандиозная эпопея Французской революции. Свержение монархии во Франции и известие о казни Людовика XVI в январе 1793 года потрясло русское дворянство. Екатерина II «слегла в постель больна и печальна», дипломатические и торговые отношения с революционной Францией были разорваны. Россия вошла в союз европейских государств готовых воевать за восстановление монархии во Франции. Внезапная смерть русской императрицы 6 ноября 1796 года отложила участие России в войне с французами.

Вступивший на престол сын Екатерины – Павел был сторонником крутых мер в борьбе с революцией, но в войну вступать не спешил. Только после того, как военные действия охватили значительную часть Европы, и возникла угроза подхода французских кораблей к русским черноморским портам, в августе 1798 года в Севастополе была сформирована эскадра под командованием вице-адмирала Ф. Ушакова, совместно с английским флотом она успешно вела боевые действия у берегов Средиземного моря.

В 1799 году русская армия под командованием М.В. Суворова одерживала победы над французами в Северной Италии и Швейцарии, но вскоре внутри антифранцузской коалиции началась борьба за собственные интересы и Россия отозвала свои сухопутные и морские силы, разорвала отношения с Австрией и Англией. В декабре 1800 года был заключен новый союз государств расположенных на берегах Балтийского моря с целью противостоять господству английского флота в морской торговле. Англия восприняла это как объявление войны, эскадра адмирала Нельсона вошла в акваторию Балтики. В России возникла необходимость усиления охраны западной морской границы в соответствии с возросшей в то время дальнобойностью морской артиллерии. Для защиты кронштадтских гаваней и города нужно было вывести линию обороны дальше в море. С этой целью юго-западнее фортов Кроншлот и цитадель в море на ряжевом основании возводится одноярусное деревянное укрепление Рисбанк, состоящее из двух бастионов соединенных куртиной. Для отражения возможного нападения десанта с северной стороны от острова на отмели установили на свайном основании две батареи в форме бастионов. 

В это же время в Кронштадте продолжалась облицовка камнем стенок гаваней, строились адмиралтейские здания и канал, обводящий складские и производственные строения. В 1798 году император Павел упраздняет Черноморское адмиралтейское правление, и все морские силы государства передаются в ведение Адмиралтейств-коллегии, которая должна работать в столице, решение о переводе Главного Адмиралтейства в Кронштадт отменяется. На берегу Невы ремонтируются и перестраиваются судостроительные мастерские, П-образный комплекс зданий Адмиралтейства обводится новыми высокими валами и полисадом. В центре Петербурга перед крепостью-верфью появляется площадь для армейских учений.

Вскоре после воцарения Павла началось строительство новой императорской резиденции. Изолированное от города водными протоками и рвами, мрачновато-пафосное здание возводилось с лихорадочной поспешностью. Павел, словно предчувствуя краткость своего правления, многое делал торопливо, часто принимал необдуманные решения. Его вспыльчивость и подозрительность, мелочные придирки и формализм держали всех приближенных ко двору и гвардии в постоянном страхе строгого и несправедливого наказания. В России власть монарха была абсолютной, но самодержец не заслуживший доверия русского дворянства и поддержки гвардейских офицеров, долго у власти не пребывал. В ночь на 12 марта 1801 года император Павел был убит заговорщиками в своей новой резиденции – Михайловском замке. Состоялся последний в истории России дворцовый переворот, на престол вступил Александр I.