Противостояние ведущих европейских держав в борьбе за преобладающее влияние на Ближнем Востоке, которое продолжалось несколько десятилетий, к середине девятнадцатого века поставило их на грань войны. Война началась между Россией и Турцией, но после побед русской армии и флота на стороне Турции в войну вступили Англия и Франция. Объединенный флот этих стран вошел в воды Финского залива. В летние месяцы 1854 и 1855 годов неприятельские корабли подошли к Кронштадту на  расстояние прямой видимости. Город-крепость пережил тревожные времена, но нападение на Кронштадтскую крепость не состоялось, серьезным препятствием для англо-французской эскадры стали минные заграждения.  

Новый вид оборонительного оружия был изобретен русским физиком Якоби, под его руководством на подступах к Кронштадту установили около 2000 мин. Обе военные компании в Финском заливе закончились в пользу России.

Основные боевые действия развернулись в Крыму за главную российскую военно-морскую базу на Черном море Севастополь. Русская армия и Черноморский флот не смогли отразить нападение противника обладающего более совершенным вооружением и военной техникой. Здесь война обернулась огромными потерями, Севастополь отстоять не удалось.  Поражение в Крымской войне сделало очевидными несостоятельность внутренней политики России, её отсталость в развитии промышленности, транспорта и военно-морских сил. Амбициозный и самонадеянный Николай I скончался 18 февраля 1855 года, были предположения, что царь отравился. Мирные переговоры велись уже при его сыне и приемнике престола Александре II. 

По условиям мирного трактата подписанного в Париже в марте 1856 года России запрещалось иметь военно-морской флот и крепости на Черном море, что лишало её возможности вести активную внешнюю политику, международный престиж Российской империи был подорван. В стране росло недовольство и недоверие к власти, невозможно было и дальше откладывать реформы уничтожающие рабские отношения. Но здесь общегосударственная необходимость сталкивалась с частными интересами помещиков-крепостников. Помня об участи императора Павла, который издавал указы не считаясь с мнением дворянства, Александр II предпринимал меры к тому, чтобы привлечь дворян к подготовке реформ. В каждой губернии был учрежден комитет для составления проектов по освобождению крестьян. Отмена крепостного права требовала новой организации российского общества, для этого необходимы были реформы местного самоуправления, суда, армии, финансов, образования. На подготовку проектов реформ потребовались годы. Манифест об освобождении крестьян был подписан царем 19 февраля 1861 года, в 1864 году утвержден документ об органах всесословной системы управления обществом, с 1864 года стали вводиться новые, подобные европейским уставы проведения судебного процесса.
Одной из важнейших стала военная реформа. С 1 января 1874 года законом вводилась всесословная воинская повинность со сроком действительной армейской службы 6 лет. Армия получила лучшее в Европе вооружение, практичное обмундирование, офицеры изучали тактику ведения боя соответствующую последним достижениям военной науки. Большие изменения происходили и на флоте. Крымская война показала бесспорное превосходство паровых кораблей, а успех использования для обороны минного оружия вызвал необходимость создания средств борьбы с минными заграждениями на море. На Балтике началось строительство парового флота, в Петербурге создавались новые государственные судостроительные заводы и реконструировались старые.  

Кронштадт оставался главным военным портом страны, и здесь особенно важным было совершенствование судоремонтной базы. В марте 1858 года в Кронштадте состоялось официальное открытие Пароходного завода, судоремонтного и судомеханического предприятия обеспечивающего оснащение, вооружение и испытание кораблей построенных на заводах Петербурга, а также проведение капитального и текущего ремонта военных кораблей перед навигацией и после неё.